+- Diễn đàn xét nghiệm đa khoa (https://xetnghiemdakhoa.com/diendan)
+-- Diễn đàn: ...:::THẢO LUẬN CHUYÊN NGÀNH:::... (https://xetnghiemdakhoa.com/diendan/forum-8.html)
+--- Diễn đàn: Vi sinh Y học (https://xetnghiemdakhoa.com/diendan/forum-71.html)
+---- Diễn đàn: Thực hành (https://xetnghiemdakhoa.com/diendan/forum-98.html)
+---- Chủ đề: HBV kháng thuốc giải trình tự gene (/thread-5764.html)
HBV kháng thuốc giải trình tự gene - tuyenlab - 02-05-2016
HBV kháng thuốc giải trình tự gene
I. MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
1. Mục đích
Xác định sự thay đổi trình tự nucleotide trên hệ gen của HBV có liên quan đến kháng thuốc.
2. Nguyên lý
Dựa trên nguyên lý của kỹ thuật giải trình tự nucleotide.
II. CHUẨN BỊ
1.Người thực hiện
- Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.
- Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
2.Phương tiện, hóa chất
Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.
2.1. Trang thiết bị
- Tủ an toàn Sinh học cấp 2
- Máy PCR
- Máy đọc điện di
- Máy giải trình tự gen
- Máy ly tâm 25000 x g
- Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml
- Máy ủ nhiệt
- Máy vortex
- Micropipette
- Bộ lưu điện
2.2. Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
Bông
Cồn
Bơm kim tiêm
Panh
Khay đựng bệnh phẩm
Hộp vận chuyển bệnh phẩm
Tube đựng bệnh phẩm
Găng không có bột
Sinh phẩm chẩn đoán
Khấu hao sinh phẩm cho kiểm tra chất lượng
EQAS (nếu thực hiện) *
Kit tách chiết DNA từ virus
DNA marker
Primer 1 (bộ primer đặc hiệu)
Primer 2 (bộ primer đặc hiệu)
Primer 3 (bộ primer đặc hiệu)
Primer 4 (bộ primer đặc hiệu)
Ống Eppendorf 1,5 ml
Ống Eppendorf 0,2 ml
Đầu côn 10 µl có lọc
Đầu côn 30 µl
Đầu côn 200 µl có lọc
Đầu côn 1 ml có lọc
Ethanol BDH
Water-DEPC Treated
Thạch
Ladder
Blue Juice Gel loading dye
Ethidium Bromide
TAE Buffer
Giấy thấm
Giấy xét nghiệm
Sổ lưu kết quả xét nghiệm
Bút viết kính
Bút bi
Mũ
Khẩu trang
Găng tay
Găng tay xử lý dụng cụ
Quần áo bảo hộ
Dung dịch nước rửa tay
Cồn sát trùng tay nhanh
Dung dịch khử trùng
Khăn lau tay
* Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).
3.Bệnh phẩm
Huyết thanh, tổ chức sinh thiết.
4.Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu
III. CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.
1.Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh: lấy 3 ml máu vào ống lấy máu vô trùng có chất chống đông EDTA.
2.Tiến hành kỹ thuật
2.1. Tách chiết DNA tổng số
2.2. Thực hiện PCR
2.3. Điện di kiểm tra sản phẩm
2.4. Giải trình tự gen
2.5. Kiểm tra và phân tích trình tự gen kháng thuốc của HBV trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế
IV. NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gen không bị nhiễu và phải cho thấy có sự thay đổi một số vị trí nucleotide trên gen tương ứng với các loại thuốc điều trị HBV
V. NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ
- Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lịa xét nghiệm.
- Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Theo quyết định số 26 /QĐ-BYT ngày 03 tháng 01 năm 2013